Historia klubu zaczyna się 20 października 1954 roku. W tym dniu odbyło się pierwsze założycielskie Walne Zebranie członków klubu. Główną rolę w utworzeniu klubu odegrali stoczniowcy zatrudnieni w Stoczni Północnej im. Bohaterów Westerplatte z kol. Zbigniewem Ostrowskim na czele, który przez wiele lat pełnił funkcję komandora klubu. Yacht Klub w większości swojej działalności  był mocno związany ze Stocznią Północną, a jej pracownicy stanowili główną siłę wszelkich działań żeglarskich. To na potrzeby stoczniowców i ich rodzin zbudowano i zmodernizowano pierwszą siedzibę klubu, która mieściła się na gdańskiej Przeróbce. Tutaj można było zdobyć pierwsze szlify żeglarskie i motorowodne, odbyć szkolenia i zdobyć uprawnienia. W klubie można było uprawiać żeglarstwo regatowe i rekreacyjne, co cieszyło się zainteresowaniem wśród pracowników Stoczni Północnej. Życie żeglarskie kwitło na Przeróbce blisko 50 lat. Klub przyjął nazwę „Yacht Klub Stoczni Północnej im. Bohaterów Westerplatte. To z gdańskiej Przeróbki wypływano na wielkie i małe wyprawy morskie i śródlądowe, zwiedzając przede wszystkim zakamarki Morza Bałtyckiego ale i również odbywały się rejsy na Morzu Adriatyckim na jednostce klubowej s/y Ślimak. We wszystkich tych wyczynach brały udział ogromne ilości członków klubu.

Najwięcej rejsów w całej historii klubu odbyło się na stalowym jachcie s/y Wołodyjowski, który powstał dzięki klubowej inicjatywie. Obecnie jacht jest własnością jednego z członków klubu.

Dziś klub znajduje się na gdańskich Stogach w nowej, wspaniałej siedzibie, która powstała w 2002 roku dzięki inwestycji Miasta Gdańska w budowę mostu wantowego nad Martwą Wisłą.

Po przeprowadzce do nowej siedziby od razu poprawiły się warunki socjalne i bytowe, ale zmienił się też status klubu. Stocznia Północna odeszła od klubu powodując całkowitą samodzielność. Klub przyjął nazwę Yacht Klub Północny, a właścicielami posiadanego majątku stali się jego członkowie uzupełniając stan ilościowy jachtów o własne jednostki.

Do klubu należało i należy wielu doskonałych żeglarzy: Aleksander Bereśniewicz, Henryk Gardziewicz, który został uhonorowany nagrodą Conrada czy Ludomir Mączka.

Obecnie klub przekształcił się niemal całkowicie w stowarzyszenie armatorów jachtów prywatnych.